给对方开工程款发票且对方已入账，可以作为证据使用，但需结合其他证据形成完整证据链。以下从不同角度进行分析：

1. 发票作为证据的效力
   根据《发票管理办法》及民事诉讼证据规则，发票属于书证范畴，能够证明双方存在经济往来。若发票明确记载工程款金额、项目名称等信息，且对方已入账，可初步证明：

   • 双方存在工程承包或分包关系；
     
   • 对方认可该笔款项的性质（工程款）及金额。
     但需注意：发票本身仅能证明“付款请求”或“收款事实”，不能直接证明合同履行情况（如工程质量、工期等）。

2. 需补充的其他证据
   为增强证明力，建议结合以下证据：

   • 合同文件：如《建设工程施工合同》，明确双方权利义务；
     
   • 履约证据：如施工日志、验收报告、结算单等，证明工程实际履行；
     
   • 付款记录：银行转账凭证，与发票金额、时间对应；
     
   • 沟通记录：如邮件、微信等，证明双方对工程款的确认过程。
     若仅有发票而无其他证据，可能面临“孤证不立”的风险。

3. 对方入账的证明作用
   对方将发票入账，通常意味着其财务系统已记录该笔支出，可间接证明：

   • 对方认可发票的真实性（非伪造）；
     
   • 对方将该款项纳入成本核算，可能反推工程已实际发生。
     但若对方主张“发票与实际无关”（如挂账处理），仍需其他证据反驳。

建议：若涉及纠纷（如欠付工程款），可先以发票及入账记录为初步证据，同时收集合同、履约文件等，形成完整证据链。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合案情提供针对性分析。