结论：在交通事故赔偿协议中，若协议规定剩余赔偿金额为3500元，而您已为对方支付住院费用1000元，并计划再支付2500元，这一做法是否可行，需根据协议的具体内容、双方协商情况以及法律规定来综合判断。
分析：
协议内容：
- 首先，需要仔细审查事故赔偿协议的具体条款。协议中是否明确规定了赔偿金额、支付方式、支付时间等关键信息。
- 如果协议中明确规定了剩余赔偿金额为3500元，且未提及可以分批支付或以其他方式抵扣，那么您单方面决定支付2500元可能构成违约。
双方协商：
- 在执行协议过程中，如果遇到特殊情况（如您已为对方支付部分费用），建议及时与对方进行沟通协商。
- 如果对方同意您支付2500元作为剩余赔偿的完结，那么这一做法在双方协商一致的情况下是可行的。但务必确保协商结果以书面形式确认，以避免后续纠纷。
法律规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。如果协议中明确规定了赔偿金额和支付方式，您应当遵守。
- 如果您未按照协议约定履行支付义务，对方有权要求您继续履行或承担违约责任。
建议：
- 审查协议：首先，仔细审查事故赔偿协议的具体内容，确保您对协议条款有清晰的理解。
- 与对方协商：如果您已为对方支付部分费用，并希望以此抵扣剩余赔偿金额，建议及时与对方进行沟通协商，争取达成一致意见。
- 遵守法律规定：在执行协议过程中，务必遵守相关法律规定，确保您的行为合法合规。
- 保留证据：无论您选择何种支付方式，都务必保留好相关证据（如支付凭证、协商记录等），以备不时之需。
特殊情况考虑：
- 如果协议中并未明确规定支付方式或允许分批支付，且您已与对方达成口头协议同意支付2500元作为剩余赔偿的完结，那么在这种情况下，您支付2500元可能是可行的。但为了确保权益，建议尽快将口头协议转化为书面协议。
- 如果对方不同意您支付2500元作为剩余赔偿的完结，并坚持要求您按照协议约定支付剩余金额，那么您应当遵守协议约定，避免构成违约。
总结：在处理此类问题时，建议您首先审查协议内容，与对方进行充分沟通协商，并遵守相关法律规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。