结论：您是否能从交通事故协议剩余的未付款项中扣除住院时垫付的1000元，取决于协议的具体条款以及双方协商的结果。若协议无明确规定，通常需通过协商解决；若协商不成，可考虑通过法律途径解决。
分析：
协议条款：
- 首先，需要查看交通事故赔偿协议的具体内容。如果协议中明确规定了赔偿款的支付方式、时间以及是否允许从赔偿款中扣除垫付款项等条款，那么双方应当按照协议执行。
- 若协议中并未明确提及垫付款项的扣除问题，那么就需要根据协议的其他条款以及双方的实际协商情况来确定。
协商解决：
- 在协议没有明确规定的情况下，您可以尝试与对方进行协商，看是否能够达成一致意见，从剩余的赔偿款中扣除您垫付的1000元。
- 协商时，您可以提供相关的医疗费用单据等证据，以证明您确实为对方垫付了费用。
法律途径：
- 如果协商不成，您可以考虑通过法律途径来解决。例如，您可以向法院提起诉讼，要求对方支付剩余的赔偿款，并同时提出扣除您垫付的费用的请求。
- 在诉讼过程中，法院会根据双方提供的证据和法律规定来作出判决。如果法院认为您的请求合理，那么可能会支持您从赔偿款中扣除垫付费用的主张。
建议：
- 在处理此类问题时，建议您先仔细审查交通事故赔偿协议的具体内容，看是否有相关的条款可以依据。
- 如果协议中没有明确规定，那么建议您先尝试与对方进行协商，看是否能够达成一致意见。
- 如果协商不成，您可以考虑咨询专业律师（即我，贺晶晶律师，专注于婚姻家庭、刑事辩护、经济纠纷、合同纠纷、交通事故、劳动仲裁领域），了解具体的法律程序和可能的结果，再决定是否通过法律途径来解决。
注意事项：
- 在处理此类问题时，请务必保留好相关的证据，如医疗费用单据、交通事故赔偿协议等，以备不时之需。
- 如果您决定通过法律途径来解决，那么请务必按照法律程序进行，不要采取过激或违法的行为。
希望以上分析能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。