总公司中标后，将工程交由分公司施工是合法的。以下从法律角度和实际操作层面进行详细分析：
一、法律角度
分公司民事行为能力：
- 分公司虽不具有独立法人资格，但根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，分公司具有一定的民事行为能力，可以在总公司的授权范围内从事经营活动。
- 总公司中标后，基于总分公司的隶属关系，有权将工程交由分公司具体实施。但总公司仍需对整个工程承担总责，包括分公司在施工过程中的行为后果。
合同签订与授权：
- 分公司可以以自己的名义签订合同，但前提是必须得到总公司的明确授权。这种授权可以是书面的，也可以是其他形式的，但必须能够证明分公司有权代表总公司进行合同签订。
- 若总公司对分公司签订合同的行为予以授权或追认，则合同有效。分公司以自己名义签订的合同，其民事责任最终由总公司承担。
二、实际操作层面
内部承包协议：
- 总公司应与分公司签订内部承包协议等相关文件，明确双方的权利义务，规范施工管理、质量责任、安全保障等事项。
- 内部承包协议应详细规定工程范围、工期、质量标准、付款方式等关键条款，以确保双方权益得到保障。
分公司资质与能力：
- 确保分公司具备相应的施工资质和能力，能够按照招投标文件及合同约定组织施工。
- 分公司应拥有足够的人员、技术和设备来保障工程顺利进行，避免因资质或能力不足而引发的法律风险。
合规经营与风险管理：
- 分公司在施工过程中应严格遵守国家法律法规和行业规范，确保施工活动的合法性和有效性。
- 总公司应加强对分公司的监督和管理，及时发现并纠正施工过程中的违规行为，以降低法律风险。
三、潜在风险与防范
法律风险：
- 若分公司未经总公司授权擅自签订合同或进行施工活动，可能引发法律纠纷，导致总公司承担不必要的法律责任。
- 因此，总公司应加强对分公司的授权管理，确保所有施工活动均在授权范围内进行。
质量与安全风险：
- 分公司施工过程中的质量问题和安全事故可能直接影响总公司的声誉和利益。
- 总公司应建立完善的质量管理和安全保障体系，对分公司的施工活动进行定期检查和评估，以确保工程质量和安全。
建议：在实际操作中，总公司应谨慎选择具备相应资质和能力的分公司进行合作，并签订详细的内部承包协议以明确双方权利义务。同时，加强监督和管理，确保施工活动的合法性和有效性。若您在总公司中标后将工程交由分公司施工的过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。