怀孕员工自动提出哺乳期结束后结束劳动关系，不算自动离职。具体分析如下：

一. 员工主动提出离职

怀孕员工在哺乳期结束后主动提出结束劳动关系，这是她基于个人意愿做出的选择，并非因违反公司规定或未履行工作职责而被公司单方面解除劳动合同。因此，这一行为不符合“自动离职”的定义，而应被视为员工主动离职。

二. 法律依据

1. 《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定：该法并未将员工主动提出结束劳动关系的行为定义为自动离职。相反，它赋予了员工在特定情况下（如哺乳期结束后）选择离职的权利。

2. 员工权益保护：女职工在孕期、产期、哺乳期受法律特殊保护。即使她们选择在这些特殊时期结束后离职，也应确保其离职过程的合法性和权益的保护。因此，怀孕员工主动提出哺乳期结束后结束劳动关系，应被视为员工主动离职，而非自动离职。

综上所述，怀孕员工自动提出哺乳期结束后结束劳动关系，是她基于个人意愿做出的选择，应被视为员工主动离职，而非自动离职。这一结论符合《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，也体现了对女职工特殊时期权益的保护。如有进一步需要，您可以继续咨询我。