针对火灾损害赔偿案件中，初步鉴定后被告申请重新鉴定但鉴定中心无法鉴定的情况，可按以下方式处理：

1. 确认鉴定不能的原因及性质

   • 首先需明确鉴定中心无法出具鉴定意见的具体原因，例如是否因技术条件限制、证据材料不足或案件本身存在特殊性导致无法鉴定。
   • 若因技术条件限制（如设备不足、方法不适用），可考虑委托其他具备资质的鉴定机构进行补充鉴定；若因证据材料缺失（如关键物证灭失），需通过补充证据或推定事实的方式解决。

2. 法律程序中的处理路径

   • 协商解决：双方可协商委托其他鉴定机构，或通过调解、和解方式确定赔偿金额，避免诉讼拖延。
   • 法院指定鉴定：根据《民事诉讼法》第七十九条，当事人可就查明事实的专门性问题向法院申请鉴定。若被告申请重新鉴定被拒，法院可依职权委托其他鉴定机构，或直接根据现有证据（如初步鉴定报告、现场勘验记录等）认定事实。
   • 推定责任与赔偿：若鉴定确实无法进行，法院可能依据《民法典》第一千一百六十五条（过错责任原则）及火灾事故调查报告，结合双方过错程度、损害后果等，推定责任比例并确定赔偿范围。例如，若被告未能证明自身无过错，可能承担主要赔偿责任。

3. 证据规则与举证责任

   • 原告已完成初步鉴定，已尽到初步举证责任。被告申请重新鉴定被拒后，若无法提供反证推翻初步鉴定结论，法院可能采纳原告证据。
   • 若被告主张初步鉴定存在程序违法或结论明显依据不足，需承担举证责任，否则法院可能不予支持重新鉴定申请。

4. 实践中的替代方案

   • 专家辅助人制度：根据《民事诉讼法》第八十二条，当事人可申请专家出庭就专门性问题发表意见，辅助法院认定事实。
   • 类案参考：法院可能参考同类火灾案件的裁判标准，结合本案实际损失（如财产清单、维修发票等）确定赔偿金额。

建议行动步骤：

1. 整理现有证据：包括初步鉴定报告、火灾事故认定书、现场照片、财产损失清单等，确保证据链完整。
2. 与被告协商：尝试通过调解或和解明确赔偿金额，降低诉讼成本。
3. 申请法院介入：若协商无果，及时向法院提交书面申请，请求指定其他鉴定机构或直接裁判。
4. 准备专家意见：如需，联系相关领域专家出具书面意见，增强己方主张的说服力。

风险提示：若鉴定无法进行且双方争议较大，法院可能依据自由心证原则裁判，赔偿金额可能与预期存在差异。建议提前评估风险，制定合理诉讼策略。

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