关于含氨基酸水溶肥料中是否可以合法含有硼酸铵和水杨酸钠的问题，这主要取决于该肥料是否已经通过了相关部门的登记批准，并且其成分、标签内容是否与登记批准的内容相一致。
首先，我们需要明确的是，肥料的成分和标签内容必须严格遵循肥料登记管理办法的规定。根据《肥料登记管理办法》的相关规定，肥料产品的名称、推荐适用作物和区域等应当与登记批准的内容保持一致，禁止擅自修改经过登记批准的标签内容。
对于您提到的含氨基酸水溶肥料中是否含有硼酸铵和水杨酸钠的问题，这并不是一个简单的“合法”或“不合法”的判断。关键在于：
肥料登记证：该含氨基酸水溶肥料是否已经获得了合法的肥料登记证，并且登记证中是否明确列出了硼酸铵和水杨酸钠作为成分。
标签内容：肥料的标签上是否准确标注了所有成分，包括硼酸铵和水杨酸钠，并且这些标注是否与肥料登记证上的内容相一致。
适用作物和区域：肥料的推荐适用作物和区域是否与登记批准的内容相符，这也是判断肥料是否合法的重要依据。
如果该含氨基酸水溶肥料已经获得了合法的肥料登记证，并且标签上的成分标注、适用作物和区域等都与登记批准的内容相一致，那么它就是合法的，无论是否含有硼酸铵和水杨酸钠。
然而，如果肥料未经登记批准，或者标签上的内容与登记批准的内容不一致（例如擅自添加了未登记的成分，或者修改了适用作物和区域等），那么它就是不合法的，可能会受到相关部门的处罚。
因此，要判断含氨基酸水溶肥料中是否可以合法含有硼酸铵和水杨酸钠，需要查看其肥料登记证和标签内容，确保它们都与登记批准的内容相一致。如果您对某款具体肥料的合法性有疑问，建议向当地农业农村部门或相关机构进行咨询和核实。