水肥发酵菌是否合法，主要取决于其生产、销售和使用是否遵守了相关法律法规。以下是对此问题的详细分析：

一. 合规生产与销售

1. 遵守相关法律法规：水肥发酵菌的生产和销售必须严格遵守《中华人民共和国产品质量法》、《中华人民共和国农药管理条例》等相关法律法规。这些法规对产品的生产标准、质量标准、标签标识等均有明确规定。
2. 取得相应许可：如果水肥发酵菌属于农药或肥料范畴，生产者还需取得相应的生产许可证和经营许可证，确保产品的合法性和安全性。

二. 合规使用

1. 按照说明书使用：用户在使用水肥发酵菌时，应严格按照产品说明书或标签上的指导进行，避免超量使用或不当使用导致的问题。
2. 不违反环保法规：使用水肥发酵菌时，还应注意遵守环保法规，避免对环境造成污染。

三. 特殊情况处理

1. 如果涉及新品种或新技术：可能需要经过相关部门的审批或备案，以确保其安全性和合规性。
2. 如果涉及进出口：还需遵守进出口相关法律法规，办理相应的进出口手续。

我的观点：水肥发酵菌本身并非违法产品，但其生产、销售和使用必须严格遵守相关法律法规。只要确保产品的合规性、使用的正确性，并遵守相关环保和进出口法规，水肥发酵菌就是合法的。如有进一步需要，您可以继续咨询我。