刑事案件超过两年后不予起诉，是否还能进行行政处罚，需分情况讨论：
一、可能会被行政处罚的情况
行为具有行政违法性：
- 即便刑事案件因超过追诉时效、情节轻微等原因不予起诉，但若该行为同时违反了行政管理法律法规，行政机关仍有权依据相关规定给予行政处罚。例如，在轻微的经济犯罪案件中，虽然因数额未达犯罪标准或超过追诉时效而被不予起诉，但可能违反了工商、税务等行政管理法规，从而面临罚款、吊销营业执照等行政处罚。
需要追究行政责任：
- 为维护社会公共秩序和行政管理秩序，某些行为即便在刑事上不予追究，也可能受到行政制裁。例如，在环境污染案件中，企业的污染行为可能因证据问题或超过追诉时效而被存疑不起诉，但环保部门仍可根据环保法规对其进行行政处罚，如罚款、责令停产整顿等。
特殊情形的追诉时效延长：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定，涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的违法行为，其追诉时效延长至五年。因此，若刑事案件不予起诉的行为属于此类特殊情形，且在五年内被发现，行政机关仍有权给予行政处罚。
二、不会被行政处罚的情况
行为不具有行政违法性：
- 若行为仅在刑事法律范畴内评价，未违反行政管理法规，则刑事案件不予起诉后，不会有行政处罚。例如，某些特定的犯罪行为可能没有对应的行政违法行为，因此不予起诉后便无行政处罚之虞。
超过行政处罚时效：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚（涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，期限为五年）。若刑事案件不予起诉时，相关违法行为已超过上述时效，则行政机关不得再给予行政处罚。
三、法律建议
- 对于被不起诉人：若认为自己的行为可能涉及行政违法，建议主动咨询行政机关或专业律师，了解是否可能面临行政处罚，并积极配合调查和处理。
- 对于行政机关：在处理刑事案件不予起诉后的行政处罚问题时，应严格依据法律法规的规定，确保行政处罚的合法性和合理性。同时，也应注重教育和预防，引导当事人遵守法律法规，防止再次发生违法行为。
总结来看，刑事案件超过两年后不予起诉，是否还能进行行政处罚，取决于具体案件事实、行为性质以及相关法律法规的规定。若您或您身边的人遇到此类问题，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。