公司瞒报工资总额的情况，一般由劳动保障行政部门负责调查。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、劳动保障行政部门的职责
根据《劳动保障监察条例》的相关规定，劳动保障行政部门对用人单位遵守劳动保障法律、法规和规章的情况进行监察，这其中包括了对用人单位工资支付情况的监察。如果公司存在瞒报工资总额的行为，这实际上可能涉及到了违反工资支付规定、偷逃社会保险费等违法行为，劳动保障行政部门有权对此进行调查并依法处理。
二、调查流程与权力
立案：劳动保障行政部门在接到关于公司瞒报工资总额的举报或投诉后，会进行初步审查，认为有违法事实需要追究法律责任的，会予以立案。
调查取证：立案后，劳动保障行政部门会指派两名以上执法人员进行调查，通过询问、查阅相关账目和资料等方式，收集公司瞒报工资总额的证据。
处理决定：根据调查结果，劳动保障行政部门会作出相应的处理决定。如果公司确实存在瞒报工资总额的行为，可能会面临罚款、补缴社会保险费等法律责任。
三、其他可能的调查部门
虽然劳动保障行政部门是主要的调查部门，但在某些特定情况下，其他部门也可能参与调查：
税务部门：如果公司瞒报工资总额是为了偷逃个人所得税，那么税务部门也有权对此进行调查。
审计部门：在审计过程中，如果发现公司存在瞒报工资总额的情况，审计部门也会将其作为问题提出，并可能移交给相关部门处理。
四、法律建议
保留证据：如果您发现公司存在瞒报工资总额的情况，建议首先保留好相关证据，如工资条、银行转账记录等。
及时举报：在保留好证据后，您可以向当地的劳动保障行政部门进行举报，由他们来对此进行调查和处理。
寻求法律援助：如果您在举报或维权过程中遇到困难，可以寻求专业的法律援助，以更好地维护自己的合法权益。
总结来说，公司瞒报工资总额的情况一般由劳动保障行政部门负责调查。在调查过程中，他们会依法行使职权，收集证据并作出处理决定。如果您发现公司存在此类行为，建议及时举报并保留好相关证据。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。