工程款五年未付清，是否可以申请仲裁，需分情况讨论：
若工程款纠纷被视为劳动报酬纠纷，且劳动关系存续：
- 根据我国法律规定，若劳动关系仍在存续期间，因拖欠劳动报酬产生的争议，劳动者申请仲裁不受一年仲裁时效期间的限制。这意味着，即使工程款已经拖欠五年，只要劳动关系仍然存在，您仍然有权向有管辖权的仲裁机构申请仲裁，要求支付工程款及相应利息。
若工程款纠纷被视为普通合同纠纷，或劳动关系已终止：
- 通常情况下，工程款纠纷更倾向于被视为普通合同纠纷，此时适用的是普通诉讼时效，一般为三年。若超过这个诉讼时效期间，且对方提出时效抗辩，法院可能会驳回您的诉讼请求。
- 特别地，如果劳动关系已经终止，那么您需要在劳动关系终止之日起的一年内申请仲裁，否则将可能丧失仲裁权利。
针对您的情况，我给出以下建议：
- 核实纠纷性质：首先，您需要明确工程款纠纷是被视为劳动报酬纠纷还是普通合同纠纷。这通常取决于您与对方之间的合同关系及实际履行情况。
- 准备证据材料：无论哪种情况，您都需要准备好相关的合同、施工记录、付款凭证等证据材料，以支持您的仲裁请求。
- 及时申请仲裁：如果确认可以申请仲裁，且仍在诉讼时效期间内，建议您尽快向有管辖权的仲裁机构提交仲裁申请，以免错过时机。
- 考虑法律后果：如果超过诉讼时效期间，且对方提出时效抗辩，您可能会面临败诉的风险。因此，在申请仲裁前，请务必评估诉讼时效的风险。
最后，我需要强调的是：法律问题具有复杂性和个体差异性，我的分析仅基于您提供的信息和一般法律原则。在实际操作中，建议您根据具体情况咨询专业律师，以获得更准确、更具体的法律建议。如果您有任何关于劳动工伤或经济纠纷方面的法律问题，都可以直接向我咨询。