关于实习证明盖的部门章是否有效的问题，这主要取决于实习单位的具体规定以及接收实习证明方的要求。不过，我可以从一般情况和特殊要求两个角度来为您详细解答。
一般情况：
在大多数情况下，实习证明上加盖的部门章（如人力资源部章、实习部门章等）在内部使用或对于不严格要求公司公章的场合，可能是被接受的。部门章代表了该部门对实习情况的认可和确认，对于证明实习经历有一定的效力。
特殊要求：
然而，有些机构或学校在接收实习证明时，会有更严格的要求。例如，根据您提供的参考信息，香港大学在硕士申请中就明确要求实习证明必须加盖公司公章，并满足其他一系列条件（如公司正式抬头、负责人亲笔签名、注明具体实习时间、岗位名称及核心工作内容等）。在这种情况下，仅加盖部门章的实习证明可能被视为无效。
建议：
了解具体要求：在提交实习证明前，务必先了解接收方（如学校、机构、企业等）对实习证明的具体要求，包括是否需要加盖公司公章、是否需要其他附加材料等。
与实习单位沟通：如果接收方有严格要求，而您的实习证明上只加盖了部门章，建议及时与实习单位沟通，看是否可以补盖公司公章或提供其他符合要求的证明材料。
保留原始材料：在沟通过程中，务必保留好所有与实习相关的原始材料（如实习合同、工资单、工作照片等），以备不时之需。
寻求官方指导：如果遇到特殊困难或不确定如何处理，可以及时与接收方或实习单位的官方部门沟通，寻求官方指导或建议。
综上所述，实习证明上加盖的部门章在一般情况下可能是有效的，但在某些特殊要求下可能被视为无效。因此，在提交实习证明前，请务必了解并满足接收方的具体要求。