结论前置：公司未同意员工离职便直接进行社保减员，一般不合法，但需结合具体情况分析。以下是具体分析：

1. 劳动关系存续期间社保缴纳义务
   根据《社会保险法》第五十八条，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。在劳动关系存续期间，无论员工是否提出离职，只要未完成离职手续（如工作交接、解除劳动合同协议签署等），公司均负有继续缴纳社保的法定义务。若公司擅自减员，可能构成未依法缴纳社保的违法行为。

2. 员工主动离职的合法流程
   若员工依据《劳动合同法》第三十七条提前30日书面通知离职，公司应在收到通知后30日内完成工作交接并办理离职手续。在此期间，公司仍需为员工缴纳社保。若公司未等30日期满即减员，属于程序违法，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求补缴社保并可能主张经济补偿。

3. 公司违法解除劳动合同的情形
   若公司未与员工协商一致，单方面以“员工离职”为由减员，可能涉嫌违法解除劳动合同。根据《劳动合同法》第四十八条，员工有权要求继续履行劳动合同或主张违法解除的赔偿金（2N倍经济补偿）。此时，社保减员行为可能成为公司违法解除的证据之一。

4. 例外情形：员工书面同意减员
   若员工在离职申请中明确同意公司提前办理社保减员（如放弃未到期期间的社保权益），且该约定不违反法律强制性规定（如未损害员工基本权益），则可能被认定为合法。但实践中，此类约定易引发争议，需谨慎处理。

建议行动：

• 若您是员工，可先与公司协商补缴社保；协商不成，向当地社保局或劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁。
  
• 若您是公司，应确保在员工完成离职手续后再办理社保减员，避免法律风险。
  

如有进一步细节（如离职协议内容、减员时间等），可向我补充说明，以便更精准分析。