公司审计期间员工辞职是合理的，但具体情况需根据公司的离任审计制度以及该制度的合法性和合理性来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、员工辞职的基本权利
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工享有辞职的权利。员工提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。在试用期内，员工提前三日通知用人单位，也可以解除劳动合同。因此，从法律层面讲，员工在公司审计期间辞职是合理的，只要其按照法律规定提前通知了用人单位。
二、公司离任审计制度的影响
制度的合法性：
- 如果公司的离任审计制度是依法制定的，且内容合法、合理，同时经过了职工代表大会或全体职工的讨论，并与工会或职工代表平等协商确定，且已向员工公示，那么该制度对员工具有约束力。
- 在这种情况下，员工在离职时可能需要配合公司进行离任审计。然而，这并不意味着员工不能辞职，而是说员工在辞职时可能需要遵守公司的相关制度，如配合审计等。
制度的合理性：
- 离任审计制度应当合理，不能过分侵犯员工的合法权益。例如，制度不能规定员工在离职后必须无限期地配合审计，或者对员工进行不合理的经济处罚。
- 如果离任审计制度不合理，或者公司以审计未完成为由拒绝为员工办理离职手续，那么员工有权向劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
三、公司以审计未完成为由拒绝办理离职手续的合法性
- 不合法情况：如果公司的离任审计制度未经合法程序制定，或者内容违法、不合理，且公司以审计未完成为由拒绝为员工办理离职手续，那么这种行为是不合法的。员工有权要求公司立即办理离职手续，并可以要求公司支付欠付的工资及奖金。
- 合法但不合理处理：即使公司的离任审计制度合法，但如果公司迟迟不进行审计或者以审计未完成为理由，故意拖延为员工办理离职手续，这也可能构成对员工权益的侵犯。在这种情况下，员工可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或者提起劳动仲裁等方式来维护自己的权益。
四、建议
员工角度：
- 在辞职前，员工应了解公司的离任审计制度，并评估其合法性和合理性。
- 如果认为公司的制度不合法或不合理，员工可以在辞职时明确表达自己的立场，并要求公司按照法律规定办理离职手续。
- 如果公司拒绝办理离职手续，员工可以及时向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
公司角度：
- 公司应制定合法、合理的离任审计制度，并确保该制度经过合法程序制定并已向员工公示。
- 在员工辞职时，公司应尽快安排审计工作，并按照法律规定为员工办理离职手续。
- 如果员工拒绝配合审计，公司可以通过合法途径解决争议，而不是拒绝为员工办理离职手续。
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