核心结论：工会代持股份的公司注销时，需重点关注股权处置、职工权益保障及清算程序合法性，具体处理方式需结合公司章程、代持协议及法律规定分情况处理。以下是具体分析：

1. 明确工会代持股份的法律性质

工会代持股份通常属于“名义持股”，即工会作为名义股东代职工实际持有公司股权。根据《公司法》及《民法典》合同编，代持关系需以书面协议明确权利义务。注销前需确认：

• 代持协议是否约定公司注销时的股权处置方式（如转让、回购或分配）；
• 实际出资人（职工）是否同意注销方案；
• 工会是否已履行对职工的告知义务。

若协议无约定，需通过职工大会或书面征询意见确定股权处理方案，避免因程序瑕疵引发纠纷。

2. 公司注销的法定程序与股权处置

公司注销需依法清算，工会代持的股权需在清算程序中处理：

• 清算组职责：清算组应通知债权人并公告，同时核查公司财产，包括代持股权的价值。若股权未处置，清算组可能被认定为未尽清算义务。
• 股权处置方式：
  1. 转让：将股权转让给第三方或职工本人，需签订转让协议并办理工商变更；
  2. 回购：公司或股东回购股权，需按协议价或评估价支付对价；
  3. 分配剩余财产：若公司注销后有剩余财产，代持股权对应的份额应分配给实际出资人（职工）。

风险提示：若未依法处置股权，职工可能以“清算组成员未履行忠实义务”为由主张赔偿（《公司法》第189条）。

3. 职工权益保障的实操建议

• 书面确认：要求工会出具书面文件，说明代持股权的处置方案及职工权益实现方式；
• 参与清算：职工可推选代表参与清算组，监督股权处置及财产分配；
• 异议救济：若对注销程序或股权处置有异议，可在清算程序终结前向法院申请撤销清算决议（《公司法司法解释二》第11条）。

4. 特殊情形：工会代持的合法性审查

若工会代持行为违反《工会法》或《公司法》强制性规定（如工会不得从事营利性活动），可能导致代持协议无效。此时：

• 股权应返还实际出资人（职工）；
• 公司注销时，职工可直接以股东身份参与清算。

建议：注销前委托律师审查代持协议及工会资质，避免程序违法。

总结与行动建议

工会代持股份的公司注销，核心是依法处置股权+保障职工权益。具体步骤：

1. 核查代持协议及公司章程；
2. 召开职工大会确定股权处置方案；
3. 依法清算并处置股权；
4. 保留书面文件备查。

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