核心前提：用户租赁农耕地签订了50年合同且一次性支付费用，现面临合同相关问题。

结论前置：

1. 合同期限可能存在违法风险：根据我国法律规定，租赁期限不得超过二十年，超过部分可能无效。
2. 费用处理需视合同效力而定：若合同部分无效，已支付费用可能需按实际有效期限折算退还。

详细分析：

1. 合同期限的合法性：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第七百零五条规定：“租赁期限不得超过二十年。超过二十年的，超过部分无效。租赁期限届满，当事人可以续订租赁合同；但是，约定的租赁期限自续订之日起不得超过二十年。”
   • 您签订的50年租赁合同，超出法律规定的20年部分（即后30年）可能被认定为无效。这意味着，从法律角度讲，您实际有效的租赁期限仅为20年。

2. 费用处理与合同效力：

   • 既然合同部分无效（超出20年的部分），那么对于已支付的一次性费用，理论上应当按照实际有效的租赁期限（20年）进行折算。超出部分对应的费用，您有权要求出租方退还，或者双方协商处理。
   • 具体操作时，需考虑合同中是否有关于费用分摊、退还的特别约定。若无特别约定，则按照公平原则，根据实际租赁期限与约定租赁期限的比例来折算费用。

3. 建议行动步骤：

   • 审查合同：仔细审查租赁合同，特别是关于租赁期限、费用支付及退还的条款。
   • 与出租方协商：就合同期限超出法律规定部分及费用处理问题，与出租方进行友好协商，寻求双方都能接受的解决方案。
   • 寻求法律帮助：若协商无果，或出租方拒绝退还超出部分费用，您可以考虑通过法律途径维护自身权益，如向法院提起诉讼或申请仲裁。

最后提醒：在处理此类法律问题时，务必保持冷静，理性分析，并依据法律规定和合同条款来维护自己的合法权益。如果您在处理过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。