关于货车挂靠公司是否有权利扣押被挂靠车的问题，这主要取决于挂靠协议的具体内容以及是否存在法定的留置权。以下是我从不同角度为你进行的分析：
基于合同约定的情况：
- 如果挂靠协议中明确规定了公司在特定情况下（如未按时缴纳管理费、未按规定维护车辆等）有权扣车，并且这些约定不违反法律法规，那么当约定情形出现时，公司扣车是行使合同权利的行为。但需要注意的是，扣车的目的应是为了保障公司的合法权益，而非恶意或其他不正当目的。
合法留置的情况：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百四十七条，如果挂靠人因车辆运营产生的费用（如修理费、保险费等）由公司垫付且未偿还，公司作为债权人可以留置车辆。但公司在实施留置前需给予挂靠人合理的催告期，并要求其履行债务。只有在催告期届满后挂靠人仍未履行的情况下，才可以进行留置。
无权扣车的情况：
- 如果没有明确的合同约定或法定的留置等情形，挂靠公司擅自扣车将构成侵权。此外，即使存在扣车的理由，如果公司没有遵循法定或约定的程序（如事先通知、给予合理期限等），扣车行为也是违法的。超出合理限度地扣车，如对车辆进行不当使用、造成损坏或长期扣留不解决问题，导致挂靠人损失扩大，这种行为同样是不合理和不合法的。
法律建议：
- 作为挂靠人，应仔细阅读挂靠协议，了解自己的权利和义务，避免因不了解协议内容而遭受损失。
- 如果挂靠公司擅自扣车，挂靠人应积极寻求法律帮助，通过协商、调解或诉讼等方式维护自己的合法权益。
- 作为挂靠公司，应尊重挂靠人的合法权益，不得滥用权利或采取不当措施。在行使扣车等权利时，应遵循法定或约定的程序，确保行为的合法性和合理性。
总之，货车挂靠公司在特定情况下有权扣车，但这必须基于明确的合同约定或法定的留置权，并遵循合法程序。在任何情况下，挂靠公司都应尊重车主的合法权益，不得滥用权利或采取不当措施。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。