针对您提出的问题，即对方在案件未结束的情况下直接进入您的门店拍摄视频并拍摄营业执照是否违法，我的分析如下：
关于进入门店拍摄视频的行为：
- 从法律角度来看，未经您允许，他人擅自进入您的私人经营场所（门店）并拍摄视频，可能侵犯了您的隐私权或经营场所的安宁权。隐私权是指个人享有的私人生活安宁与私人信息依法受到保护，不被他人非法侵扰、知悉、搜集、利用和公开等的一种人格权。经营场所的安宁权则是指经营者在经营过程中享有的不受非法干扰和侵犯的权利。
- 如果拍摄行为干扰了您的正常经营，或者拍摄内容涉及您的商业秘密、客户信息等敏感信息，那么这种行为还可能构成对您的商业利益的侵犯。
关于拍摄营业执照的行为：
- 营业执照是企业合法经营的凭证，包含了企业的基本信息和经营范围等重要内容。未经您允许，他人擅自拍摄您的营业执照，可能构成对您商业信息的非法获取和利用。
- 如果拍摄者将拍摄的营业执照用于非法目的，如冒用您的名义进行经营活动、泄露您的商业秘密等，那么这种行为还可能构成更严重的违法行为，如诈骗、侵犯商业秘密罪等。
法律建议：
- 首先，您可以与对方进行沟通，要求其立即停止拍摄行为，并删除已拍摄的视频和照片。
- 如果对方拒绝配合，或者拍摄行为已经给您造成了实际损失，您可以考虑向当地公安机关报案，或者向人民法院提起诉讼，要求对方承担相应的法律责任。
- 在处理此类问题时，建议您保留好相关证据，如拍摄视频、照片、与对方的沟通记录等，以便在需要时提供证明。
可能的法律后果：
- 如果对方的行为被认定为侵犯隐私权、经营场所的安宁权或商业利益，那么对方可能需要承担停止侵害、消除影响、赔礼道歉、赔偿损失等民事责任。
- 如果对方的行为构成更严重的违法行为，如诈骗、侵犯商业秘密罪等，那么对方还可能面临刑事责任的追究。
综上所述，对方在案件未结束的情况下直接进入您的门店拍摄视频并拍摄营业执照的行为，可能构成对您隐私权、经营场所的安宁权或商业利益的侵犯。建议您及时采取措施，保护自己的合法权益。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。