拿着营业执照在别人的店拍照是否违法，需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、不违法的情况
经店铺经营者同意：
- 营业执照作为企业和个体工商户等市场主体准许从事营利性经营活动的凭证，其正、副本及登记事项等信息依法属于公开内容。在正常的商业交往和信息了解过程中，如合作伙伴为业务合作需要留存对方主体资格证明，经店铺经营者同意后，拍摄营业执照的公开信息是合理且不违法的。
营业执照的公示性：
- 营业执照依法应悬挂在营业场所醒目位置，其信息在工商局网站等公开渠道也可查询，因此不属于保密信息。在店铺经营者未明确拒绝的情况下，出于正常业务往来、了解企业资质等合理目的，对营业执照进行拍照，通常也不构成违法。但为了避免不必要的纠纷，建议事先征得店铺经营者的同意。
二、可能违法的情况
未经许可拍摄：
- 若店铺经营者明确拒绝拍摄请求，而拍摄者仍偷偷拍摄，则可能侵犯店铺经营者的商业秘密或隐私权。营业执照上虽主要登记的是法定公示信息，但若包含其他敏感信息（如特定经营策略、客户信息等，尽管这些通常不直接体现在执照上，但拍摄行为可能引发对其他敏感信息的联想或担忧），且拍摄者未经许可拍摄并泄露，给对方造成损失，则可能构成侵权行为。
用于非法活动：
- 拍摄者若将拍摄的营业执照用于非法目的，如诈骗、非法集资、虚假宣传等违法犯罪活动，则拍摄行为可能成为实施这些犯罪的手段。此时，拍摄者需根据具体实施的违法犯罪行为承担相应的法律责任，如诈骗罪、非法集资罪等。
违反保密约定：
- 若拍摄者与店铺经营者之间存在明确的保密约定，且约定中明确禁止拍摄营业执照，那么拍摄者违反该约定进行拍摄即构成违约行为。在此情况下，拍摄者可能需要承担违约责任，包括但不限于赔偿损失、道歉等。
三、法律建议与风险防范
明确拍摄目的和用途：
- 在拍摄前，应明确拍摄营业执照的目的和用途，确保是出于合规的商业目的或其他合法目的。避免将拍摄内容用于任何非法活动。
征得店铺经营者同意：
- 在拍摄前，最好征得店铺经营者的同意，并明确告知其拍摄的目的和用途。这有助于避免不必要的纠纷和法律风险。
标注使用范围：
- 为降低风险，建议在拍摄的照片上标注“仅限某某用途”等字样，以限制拍照者的使用范围。这有助于防止照片被滥用或用于非法目的。
审慎判断拍照请求：
- 对于身份不明或动机可疑的拍照请求，应保持高度警惕。必要时可拒绝拍照，并向相关部门反映情况。这有助于保护店铺经营者的合法权益不受侵害。
总结来说，拿着营业执照在别人的店拍照是否违法，取决于拍摄行为是否经过店铺经营者同意、拍摄目的和用途是否合法以及是否违反保密约定等因素。在拍摄前，建议征得店铺经营者的同意，并明确拍摄目的和用途的合法性。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。