即使债务人已经偿还了借款，债权人不消除合同并不影响合同的终止和双方权利义务的消灭。下面我对这一问题进行详细分析：

一. 合同终止与权利义务消灭

1. 合同终止的条件：根据《民法典》第五百五十七条的规定，有下列情形之一的，债权债务终止：（一）债务已经履行；（二）债务相互抵销；（三）债务人依法将标的物提存；（四）债权人免除债务；（五）债权债务同归于一人；（六）法律规定或者当事人约定终止的其他情形。因此，在债务已经履行的情况下，即借款人已经还钱，合同即告终止。
2. 权利义务的消灭：合同终止后，合同双方的权利和义务也随之消灭。这意味着，即使债权人未主动“消合同”，借款人也无需再承担还款义务，因为合同已经因履行而终止。

二. 合同留存与证明作用

1. 合同留存的合理性：债权人可能出于记录、备查或未来可能发生的纠纷解决等考虑，选择保留已终止的合同。这并不影响合同的终止状态。
2. 合同的证明作用：已终止的合同在未来可能作为双方交易历史的证明，用于解决潜在的争议或误会。

三. 应对建议

• 沟通协商：尽管合同已经终止，但双方仍可以通过友好沟通，就合同的留存、销毁或处理方式达成一致。
• 保留证据：借款人应保留还款记录、转账凭证等证据，以证明债务已经履行，防止未来可能出现的纠纷。

我建议，你可以与债权人沟通，说明债务已经履行，合同理应终止，询问其是否同意销毁或归还合同原件。同时，确保自己保留了充分的还款证据，以备不时之需。如有进一步需要，您可以继续咨询我。