关于“男方父亲的房产写在协议书上有法律效力吗”这一问题，我们需要从多个角度进行分析：

1. 协议书的有效性：

   • 一般情况下有效：如果男方父亲与相关方（如男方或其他家庭成员）签订的协议书，是双方真实意愿的表达，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议书通常是有效的。这意味着，协议书中关于房产的归属、处理方式等条款，在符合法律要求的前提下，对双方具有约束力。
   • 可能无效的情况：然而，如果协议书中存在恶意串通损害他人权益、违反法律规定或违背公序良俗等情形，那么该协议书可能被认定无效。例如，如果男方父亲为了将房产全部留给儿子而故意低价卖房，损害了其他家庭成员的合法权益，那么这种协议就可能被视为无效。

2. 房产所有权的转移：

   • 协议书与产权过户：虽然协议书可以约定房产的归属和处理方式，但房产所有权的转移还需要按照规定办理产权过户登记。如果仅签订了协议书而未办理产权过户登记，那么房产的所有权并未发生转移。
   • 未过户的法律后果：如果未办理产权过户登记，而男方父亲又去世了，那么房产的继承问题将按照法定继承或遗嘱继承的规定来处理。此时，即使协议书中约定了房产的归属，也可能因为未办理过户登记而无法直接实现。

3. 针对不同情况的建议：

   • 如果协议书有效且已办理过户：那么房产的归属将按照协议书的约定来处理。此时，其他家庭成员如果认为自己的权益受到了损害，可以通过法律途径来维护自己的权益。
   • 如果协议书无效或未办理过户：那么房产的归属将按照法定继承或遗嘱继承的规定来处理。此时，建议家庭成员之间通过协商或调解来解决争议，如果无法达成一致，可以寻求法律途径来解决。

综上所述，男方父亲的房产写在协议书上是否有法律效力，取决于协议书的内容是否合法、是否真实表达了双方的意愿以及是否办理了产权过户登记等多个因素。如果您有关于房产协议或家庭财产纠纷的法律问题，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律建议和帮助。