当刑事案件已经被正式立案调查，并且赃款已经退回给受害人时，这一过程需要严格遵守法律程序和原则，以确保公平和正义得到维护。以下是对这一问题的详细解答：

首先，赃款的退还必须在司法机构的全程监控下进行。这样做是为了保证整个退还过程的合规性，防止出现任何违法或不当的行为。司法机构会对退还款项的具体数额、来源途径等关键信息进行全面且严谨的审核确认，以确保退还的款项确实是犯罪分子违法所得，并且应当返还给受害人。

对于受害者来说，收到退还的赃款后，他们应当及时向相关部门出具收款凭证或证明文件，以此来确认自己已经成功接收了这笔款项。这样做可以避免未来可能出现的任何纠纷和误解，同时也为受害者提供了法律上的保障。

此外，从法律的角度来看，《中华人民共和国刑法》第六十四条明确规定：“犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还。”这一条款为赃款的退还提供了明确的法律依据。

同时，值得注意的是，涉案人在刑事立案后归还侵吞的财产，这一积极举动在法庭审判过程中可能会为他们带来量刑方面的优势。法院在做出最终判决时，会根据实际情况酌情予以减轻处罚。这体现了法律对积极退赃行为的认可和鼓励。

综上所述，刑事立案后赃款已经退回给受害人时，必须严格遵守法律程序和原则，确保整个过程的合规性和公平正义性。受害者应及时出具收款凭证或证明文件以确认款项到账，并妥善保存所有相关证据文件和历史记录以备将来可能出现的司法程序之需。