1. 关于公司规定“少一天按三天扣”的合法性分析：

   • 首先，要明确的是，公司的规章制度虽然可以对其员工进行一定的约束和管理，但这种约束和管理必须建立在合法、合理的基础之上。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并且要进行公示或者告知劳动者。
   • 对于“少一天按三天扣”这样的规定，如果未经上述法定程序制定，或者该规定本身明显不合理，损害了劳动者的合法权益，那么这样的规定可能是无效的。劳动者有权对不合理的规章制度提出异议，并可以通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的权益。

2. 关于劳动者未提前申请离职的法律后果：

   • 劳动者在解除劳动合同时，一般应当提前三十日以书面形式通知用人单位（在试用期内则需提前三日）。这是劳动者的一项法定义务，旨在保障用人单位有足够的时间进行工作交接和人员调整。
   • 如果劳动者未按照规定提前通知用人单位而擅自离职，给用人单位造成损失的，用人单位有权要求劳动者承担赔偿责任。但赔偿的范围和金额应当根据实际损失情况来确定，不能随意扩大或加重劳动者的责任。
   • 至于“少一天按三天扣”这样的扣款方式，如果并非基于实际损失计算，而是单纯作为一种惩罚措施，那么这种扣款方式可能缺乏法律依据，也不符合公平合理的原则。

3. 法律建议：

   • 对于劳动者而言，如果认为公司的规章制度不合理或存在违法情况，可以向公司提出异议，并要求公司进行修改或解释。如果公司不予理会或坚持执行不合理的规章制度，劳动者可以通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的权益。
   • 对于用人单位而言，应当严格遵守相关法律法规，制定合法、合理的规章制度，并确保这些规章制度经过法定程序制定并公示或告知劳动者。在处理劳动者离职等问题时，应当遵循公平合理的原则，不得随意加重劳动者的责任或损害劳动者的合法权益。

综上所述，“少一天按三天扣”这样的规定可能并不合法或合理。如果您作为劳动者遇到了类似的情况，建议您及时与公司沟通并寻求解决方案。如果沟通无果或认为自己的权益受到了侵害，可以直接向我咨询相关法律问题，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。