关于借用人向被借单位支付工作经费是否合法的问题，需结合具体情况进行分析，以下从不同角度进行阐述：
若双方存在合法有效的借用协议且协议中明确约定了工作经费的支付：
- 合法性分析：在此情况下，借用人向被借单位支付工作经费是基于双方自愿达成的协议，且该协议内容不违反法律法规的强制性规定，因此是合法的。工作经费的支付可以视为借用协议履行过程中的一部分，用于保障被借单位在借用期间能够正常开展工作或提供必要的支持。
- 法律建议：确保借用协议内容明确、合法，并妥善保存协议原件及相关支付凭证，以备不时之需。
若双方未签订借用协议或协议中未明确约定工作经费的支付，但借用人自愿支付：
- 合法性分析：虽然双方未签订明确的借用协议或协议中未提及工作经费，但借用人自愿支付且被借单位接受，这种行为在法律上通常被视为一种赠与或自愿承担的费用。只要该支付行为不违反法律法规的强制性规定，且不损害第三方利益，那么这种支付行为也是合法的。
- 法律建议：尽管此种情况下支付行为合法，但为了避免未来可能出现的纠纷，建议双方还是签订一份明确的借用协议，对工作经费的支付等事项进行约定。
若借用人向被借单位支付工作经费的行为存在违法或不当情形：
- 违法性分析：如果借用人支付工作经费的行为违反了法律法规的强制性规定（如行贿、受贿等），或者该支付行为损害了第三方利益（如通过支付工作经费来获取不正当竞争优势），那么这种支付行为就是违法的。
- 法律后果：违法支付工作经费的行为可能面临法律制裁，包括但不限于罚款、没收违法所得、刑事责任等。同时，被借单位也可能因接受违法支付而承担相应的法律责任。
- 法律建议：坚决避免任何违法或不当的支付行为，确保所有经济往来都合法合规。如有任何疑问或不确定之处，应及时咨询专业律师。
综上所述，借用人向被借单位支付工作经费是否合法，需结合双方是否存在合法有效的借用协议、协议中是否明确约定了工作经费的支付以及支付行为本身是否存在违法或不当情形等因素进行综合判断。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。