用工单位违章指挥将承担以下责任：

1. 行政处罚责任：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十八条，用人单位违章指挥或者强令冒险作业危及劳动者人身安全的，将依法给予行政处罚。
   • 《安全生产违法行为行政处罚办法》第四十四条也明确规定，生产经营单位及其主要负责人或者其他人员违章指挥从业人员或者强令从业人员违章、冒险作业的，将给予警告，并可以对生产经营单位处1万元以上3万元以下罚款，对其主要负责人、其他有关人员处1000元以上1万元以下的罚款。

2. 刑事责任：

   • 如果违章指挥导致重大伤亡事故，造成严重后果的，根据《中华人民共和国劳动法》第九十三条和《中华人民共和国刑法》第一百三十四条第二款的规定，对责任人员将依法追究刑事责任。具体来说，强令他人违章冒险作业，或者明知存在重大事故隐患而不排除，仍冒险组织作业，因而发生重大伤亡事故或者造成其他严重后果的，将处五年以下有期徒刑或者拘役；情节特别恶劣的，将处五年以上有期徒刑。

3. 民事赔偿责任：

   • 如果违章指挥给劳动者造成损害的，根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十八条，用人单位应当承担赔偿责任。这包括但不限于医疗费用、误工费、残疾赔偿金、死亡赔偿金等。

4. 其他责任：

   • 除了上述法律责任外，用工单位还可能面临声誉损失、员工信任度下降等非法律后果。这些后果虽然不直接具有法律强制性，但对用工单位的长期发展和运营将产生不利影响。

案例分析： 以青州市山东通用起重机股份有限公司“5·13”较大物体打击事故为例，该公司副总经理曹某伟在明知相关人员未经培训的情况下，违章指挥多人上岗作业，最终导致4人死亡。曹某伟因此涉嫌构成重大责任事故罪，被建议司法机关依法追究其刑事责任。这一案例充分说明了用工单位违章指挥的严重后果和法律责任。

建议： 用工单位应严格遵守安全生产法律法规，加强员工安全教育培训，确保员工具备必要的安全生产知识和技能。同时，用工单位应建立健全安全生产管理制度，明确各级管理人员和员工的安全生产职责，防止违章指挥和冒险作业行为的发生。如果遇到相关法律问题，可以直接向我咨询。