用人单位持有一份劳动合同本身并不违法，但关键在于这份劳动合同是否符合法律规定以及双方之间的实际关系。以下从不同角度进行分析：

1. 若劳动合同合法且双方实际构成劳动关系：

   • 在这种情况下，用人单位持有一份合法的劳动合同是完全正常的，也是法律所要求的。劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议，必须依法签订。
   • 劳动合同应当包含劳动法规定的必备条款，如用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人，劳动者的姓名、住址和居民身份证或者其他有效身份证件号码，劳动合同期限，工作内容和工作地点，工作时间和休息休假，劳动报酬，社会保险等。

2. 若劳动合同违法或双方实际构成劳务关系却签订了劳动合同：

   • 如果劳动合同存在违反法律、行政法规强制性规定的情况，如未包含必备条款、条款内容不合法等，那么这份劳动合同就是违法的。此时，用人单位持有一份违法的劳动合同显然是不合适的。
   • 另外，如果双方实际上构成的是劳务关系而非劳动关系，但签订了劳动合同，这种情况下虽然合同形式上为劳动合同，但实质上可能并不受劳动法的全面保护。劳务关系通常基于双方平等自愿、协商一致的原则，不受劳动法中某些针对劳动关系的特殊规定的约束。然而，如果用人单位故意以劳动合同形式掩盖劳务关系，以规避法律责任，这种做法可能构成违法。

3. 用人单位故意混淆劳动关系与劳务关系的情况：

   • 在某些情况下，用人单位可能为了降低用工成本或规避法律责任，故意混淆劳动关系与劳务关系，以劳务合同代替劳动合同。这种做法是违法的，因为它损害了劳动者的合法权益。
   • 一旦发生纠纷，劳动者有权向劳动监察部门投诉，要求用人单位承担相应责任。劳动监察部门会责令用人单位改正违法行为，并可能给予罚款等处罚。同时，劳动者还可以通过劳动仲裁或诉讼途径，要求确认劳动关系，并主张未签订劳动合同期间的双倍工资、补缴社保、支付经济补偿等合法权益。

综上所述，用人单位持有一份劳动合同是否违法，关键在于这份劳动合同是否合法以及双方之间的实际关系。如果劳动合同合法且双方实际构成劳动关系，那么用人单位持有一份劳动合同是完全正常的；如果劳动合同违法或双方实际构成劳务关系却签订了劳动合同，或者用人单位故意混淆劳动关系与劳务关系，那么这种做法就可能是违法的。

如果您在劳动合同方面遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。