工伤认定后公司不赔的仲裁理由主要包括以下几点：
公司未依法缴纳工伤保险：
- 根据法律规定，公司应当为员工缴纳工伤保险。若公司未依法缴纳，导致员工工伤后无法获得保险赔偿，公司则应承担全部的赔偿责任。若公司拒绝赔偿，员工可以此为由申请劳动仲裁。
赔偿流程存在问题：
- 工伤赔偿流程涉及多个环节，如劳动能力鉴定、赔偿金额计算等。若公司在这些环节中操作不规范，如未及时传递信息、材料不齐或未按程序操作，导致赔偿进度受阻或赔偿金额不准确，员工可以此为由申请劳动仲裁。
赔偿金额存在分歧：
- 双方可能就赔偿金额的计算标准、赔偿项目等存在分歧。若公司提出的赔偿金额远低于员工的预期或法律规定，员工可以此为由与公司进行协商。协商不成时，员工可以申请劳动仲裁，由仲裁机构根据事实和法律作出公正裁决。
在申请劳动仲裁时，员工应准备齐全相关材料，包括工伤认定书、劳动能力鉴定结论、劳动关系证明、医疗费用票据等，以证明自己的工伤事实及赔偿请求。同时，员工应注意劳动仲裁的时效问题，一般为一年，确保在时效期内提出仲裁申请。
综上所述，工伤认定后公司不赔的仲裁理由主要包括公司未依法缴纳工伤保险、赔偿流程存在问题以及赔偿金额存在分歧等。员工在遭遇公司拒赔时，应依法维护自己的合法权益，通过劳动仲裁等途径寻求法律救济。