公寓注册公司后还出租给个人居住，这一行为的合法性需根据具体情况来判断。

首先，从公司法的角度来看，公司注册后，其经营范围和经营活动应受到公司章程及相关法律法规的约束。如果公司章程或相关法律法规明确禁止公司将公寓出租给个人居住，那么这种行为就是违法的。

其次，从房产租赁的角度来看，公寓作为租赁物，其使用应符合相关法律法规及租赁合同的规定。如果租赁合同明确约定公寓仅用于公司办公或商业用途，而不得用于居住，那么公司将公寓出租给个人居住就违反了租赁合同的规定，也是不合法的。

此外，还需要考虑公寓的规划和用途是否符合居住要求。如果公寓本身并不具备居住条件，或者其规划和用途被明确限定为非居住用途，那么将其出租给个人居住也是不合法的。

综上所述，公寓注册公司后还出租给个人居住的合法性需根据具体情况来判断。建议你在进行此类行为前，仔细查阅公司章程、相关法律法规、租赁合同以及公寓的规划和用途等相关文件，以确保行为的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。