房屋既出租又注册公司，在符合相关法律法规和合同约定的情况下，是合法的。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律层面
房屋租赁合法性：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，房屋租赁合同是出租人将房屋交付承租人使用、收益，承租人支付租金的合同。只要双方意思表示真实，不违反法律、行政法规的强制性规定，房屋租赁合同就是合法有效的。
公司注册合法性：
- 公司注册需要提供合法的经营场所证明。如果承租人将租赁的房屋作为公司注册地址，并取得了出租人的同意，且该房屋的使用性质符合当地规划、消防等要求，那么这种注册行为也是合法的。
二、合同约定层面
租赁合同中的约定：
- 在签订房屋租赁合同时，双方可以明确约定房屋的使用用途，包括是否允许承租人将房屋作为公司注册地址。如果合同中有明确约定，且双方均遵守约定，那么这种行为就是合法的。
- 示例：假设租赁合同中明确约定“承租人可将租赁房屋作为公司注册地址，但需遵守相关法律法规及物业管理规定”，那么承租人在此约定下注册公司就是合法的。
出租人同意的重要性：
- 如果承租人未经出租人同意，擅自将租赁房屋作为公司注册地址，可能构成违约行为。出租人有权要求承租人停止该行为，并可能要求承租人承担违约责任。
三、实际操作层面
房屋使用性质：
- 在实际操作中，需要注意房屋的使用性质是否符合当地规划、消防等要求。例如，如果房屋原本设计为住宅用途，但承租人希望将其作为商业用途（包括公司注册地址），可能需要办理相关的变更手续或获得相关部门的批准。
物业管理规定：
- 还需要遵守物业管理规定。有些物业管理公司可能对房屋的使用有特定要求，如禁止在住宅区内注册公司等。承租人在注册公司前，应了解并遵守这些规定。
四、可能存在的风险及建议
风险：
- 如果承租人未经出租人同意注册公司，可能导致租赁合同纠纷，甚至面临法律诉讼。
- 如果房屋使用性质不符合要求或违反物业管理规定，可能面临行政处罚或责令整改等风险。
建议：
- 在签订租赁合同时，明确约定房屋的使用用途及是否允许注册公司等事项。
- 在注册公司前，了解并遵守当地规划、消防等要求及物业管理规定。
- 如遇任何法律问题或纠纷，及时咨询专业律师以获取法律帮助。
综上所述，房屋既出租又注册公司在符合相关法律法规和合同约定的情况下是合法的。但为了避免潜在的法律风险和纠纷，建议双方在签订租赁合同时明确约定相关事项，并在实际操作中遵守相关规定。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。