对于土地承包经营权确认纠纷，确定被告需根据具体争议情形和法律规定来综合判断。以下从不同情况为您分析应以谁为被告：

1. 土地承包经营权归属存在争议

   • 与集体经济组织之间的纠纷：当农户对集体经济组织发包土地的程序、方式或者最终确定的承包方有异议，认为自身应当获得土地承包经营权而未被确认时，应以农村集体经济组织为被告。因为农村集体经济组织是土地的所有者和管理者，负责土地的发包工作，其发包行为直接影响了土地承包经营权的归属。
   • 与其他农户之间的纠纷：如果出现多个农户都主张对同一块土地享有承包经营权的情况，应将与自己发生争议的其他农户列为被告。双方都是平等的民事主体，通过法律途径解决他们之间关于土地承包经营权的争议。

2. 土地承包经营权流转引发的纠纷

   • 转包、出租合同纠纷：在土地承包经营权转包或出租过程中产生的纠纷，应以合同的相对方为被告。即如果是转包关系，原承包人起诉要求转包人履行合同义务或承担违约责任，就以转包人为被告；如果是出租关系，出租人起诉承租人，承租人就是被告。
   • 互换、转让合同纠纷：在土地承包经营权互换或转让过程中产生的纠纷，同样以互换或转让合同的相对方为被告。

3. 因土地征收等原因影响土地承包经营权引发的纠纷

   • 与征收部门之间的纠纷：如果土地承包经营权人对征收部门的补偿标准、补偿方式等有异议，应以负责土地征收的政府部门为被告。因为政府部门是征收行为的实施主体，其行为直接影响到土地承包经营权人的合法权益。
   • 与集体经济组织就补偿分配产生的纠纷：在土地征收补偿款的分配过程中，如果土地承包经营权人对集体经济组织的分配方案有异议，应以农村集体经济组织为被告。因为集体经济组织负责组织补偿款的分配工作，其与土地承包经营权人之间存在着关于补偿款分配的民事法律关系。

综上所述，土地承包经营权确认纠纷的被告确定需根据具体争议情形和法律规定来判断。如果您在实际操作中遇到此类问题，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。当然，您也可以直接向我咨询，我在婚姻家庭、经济纠纷、债权债务、房产纠纷等领域都有丰富的专业经验。