申请土地承包经营权属确认时，是否会有被告，需根据具体争议情形来确定。以下从不同情况为你详细分析：

1. 土地承包经营权归属存在争议

   • 与集体经济组织之间的纠纷：当农户对集体经济组织发包土地的程序、方式或者最终确定的承包方有异议，认为自身应当获得土地承包经营权而未被确认时，会引发此类纠纷。例如，集体经济组织在发包土地时没有按照法定程序进行公开招标或民主议定，导致部分村民认为自己有权承包该土地却未能如愿。此时，应以农村集体经济组织为被告。因为农村集体经济组织是土地的所有者和管理者，负责土地的发包工作，其发包行为直接影响了土地承包经营权的归属。
   • 与其他农户之间的纠纷：可能出现多个农户都主张对同一块土地享有承包经营权的情况。比如，在一些山区，由于土地界限不明确，相邻的两户农户可能都认为自己对某块坡地拥有承包权；或者在土地流转过程中，原承包户和新承包户之间对于承包经营权的归属产生分歧。这种情况下，应将与自己发生争议的其他农户列为被告。双方都是平等的民事主体，通过法律途径解决他们之间关于土地承包经营权的争议。

2. 土地承包经营权流转引发的纠纷

   • 转包、出租合同纠纷：在土地承包经营权转包或出租过程中，当事人之间可能会就转包费、租金支付、土地恢复原状等问题产生争议。例如，承租人未按照合同约定支付租金，或者转包人在合同期满后拒绝将土地返还给原承包人。如果是因为转包、出租合同产生的纠纷，应以合同的相对方为被告。即如果是转包关系，原承包人起诉要求转包人履行合同义务或承担违约责任，就以转包人为被告；反之亦然。如果是出租关系，出租人起诉承租人，承租人就是被告。
   • 互换、转让合同纠纷：在土地承包经营权互换或转让过程中，可能会出现一方不履行互换或转让协议约定的义务，如未按时交付土地、未协助办理相关登记手续等情况。同样以互换或转让合同的相对方为被告。例如，甲将自己的土地承包经营权转让给乙，但乙未按照约定支付转让款，甲起诉乙时，乙就是被告。

3. 因土地征收等原因影响土地承包经营权引发的纠纷

   • 与征收部门之间的纠纷：当国家因公共利益需要征收农民集体所有的土地时，可能会涉及到对被征收土地上土地承包经营权的补偿问题。如果土地承包经营权人对征收部门的补偿标准、补偿方式等有异议，就可能引发纠纷。此时应以负责土地征收的政府部门为被告。因为政府部门是征收行为的实施主体，其行为直接影响到土地承包经营权人的合法权益。
   • 与集体经济组织就补偿分配产生的纠纷：在土地征收补偿款的分配过程中，集体经济组织可能会制定一些分配方案，但这些方案可能无法让所有土地承包经营权人都满意。例如，集体经济组织决定按照一定的比例将补偿款分配给各承包户，但部分承包户认为自己的权益受到了侵害。这种情况下，应以农村集体经济组织为被告。因为集体经济组织负责组织补偿款的分配工作，其与土地承包经营权人之间存在着关于补偿款分配的民事法律关系。

在申请土地承包经营权属确认的过程中，如果发生了上述纠纷并需要通过法律途径解决，那么根据不同的纠纷类型和具体情况，就需要确定相应的被告。如果你在实际操作中遇到任何问题，或者需要进一步的法律帮助，都可以直接向我咨询。