即使和诈骗犯达成了还款协议，公安机关依然有权依法立案调查。这是因为诈骗属于刑事犯罪，其性质并不会因后续的还款协议而改变。下面我为您详细解释：

1. 诈骗犯罪的认定：

   • 诈骗犯罪事实的成立，主要依据公安机关掌握的证据，如虚构事实、隐瞒真相来骗取财物等行为。只要这些证据充分，就能认定犯罪事实。
   • 诈骗罪的立案标准并非基于钱款是否归还，而是基于是否存在诈骗这一犯罪事实。

2. 还款协议的性质：

   • 还款协议本质上是一种民事约定，规定了债务的履行方式。它只是嫌疑人承诺还款的一种表现，属于民事赔偿的约定，并不能改变之前诈骗行为的刑事属性。
   • 和解协议或还款协议的达成，并不影响司法机关对诈骗行为的立案侦查和刑事责任的追究。

3. 司法机关的处理原则：

   • 司法机关立案侦查主要看是否有足够证据证明诈骗犯罪事实存在。即便嫌疑人与受害者签订了还款协议，只要证据充足，司法机关依然会依法立案，追究嫌疑人的刑事责任。
   • 诈骗罪的立案由司法机关决定，属于公诉案件。即便双方达成和解，只要符合诈骗罪的构成要件，司法机关仍可立案侦查，因为诈骗行为不仅侵害了受害人的个人权益，也破坏了社会秩序和法律尊严。

4. 积极退赃的影响：

   • 如果行为人在立案前或审判过程中主动与受害人协商退款事宜并达成退款协议，同时保留相关退款证据，这有可能影响案件的立案决定或量刑结果。
   • 积极退赃表明了行为人的悔罪态度和改过自新的决心，是量刑时的一个重要考量因素。法院在量刑时会综合考虑这一情节，可能会对行为人从轻或减轻处罚。

综上所述，和诈骗犯达成还款协议并不影响公安机关对诈骗行为的立案调查。但积极退赃的行为在后续的司法程序中可能为行为人争取到一定的宽大处理。因此，对于涉嫌诈骗的行为人来说，及时退赃、主动向公安机关说明情况并提交相关证据是非常重要的。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的帮助，请直接向我咨询。