关于“因职工代表大会组成不合法导致公司制度无效”的问题，我们可以从以下几个方面进行分析和回答：

核心结论：职工代表大会的组成不合法，确实有可能导致由其通过的公司制度被认定为无效。

法律背景：

1. 职工代表大会的合法性：根据《公司法》及相关规定，职工代表大会是公司职工参与民主管理的重要形式，其组成应当符合法律、法规及公司章程的规定。如果职工代表大会的组成存在违法情形，如代表选举不合法、代表比例不符合规定等，那么其合法性就会受到质疑。

2. 公司制度的效力：公司制度，包括规章制度、管理制度等，是公司内部管理的重要依据。这些制度需要经过合法的程序制定，并符合法律、法规及公司章程的规定。如果公司制度的制定程序存在瑕疵，如未经职工代表大会合法通过，那么这些制度的效力就会受到挑战。

具体分析：

1. 职工代表大会组成不合法的后果：

   • 如果职工代表大会的组成不合法，那么其通过的任何决议、决定都有可能被视为无效。这包括由职工代表大会通过的公司制度。
   • 在这种情况下，公司制度将无法对公司员工产生法律约束力，员工有权拒绝遵守这些制度。

2. 公司制度无效的法律后果：

   • 公司制度一旦被认定为无效，公司将无法依据这些制度对员工进行管理，这可能导致公司管理混乱，甚至引发劳动争议。
   • 此外，如果公司依据无效的制度对员工进行了处罚或采取了其他不利措施，员工有权要求公司承担相应的法律责任。

法律建议：

1. 确保职工代表大会的合法性：公司在组建职工代表大会时，应严格遵守法律、法规及公司章程的规定，确保代表的选举、比例等方面均符合规定。

2. 完善公司制度的制定程序：公司在制定公司制度时，应确保制度的制定程序合法、合规，包括经过职工代表大会的合法通过等。

3. 及时咨询专业律师：如果公司在职工代表大会的组建或公司制度的制定方面遇到法律问题，应及时咨询专业律师，以确保公司的合法权益得到保障。

综上所述，职工代表大会的组成不合法确实有可能导致公司制度无效。因此，公司在组建职工代表大会和制定公司制度时，应严格遵守相关法律、法规及公司章程的规定，以确保公司的合法性和稳定性。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。