关于“机关单位周六上班是否合法”的问题，不能一概而论，需结合具体情况和工时制度进行综合分析。以下是详细解析：
一、结论前置
机关单位要求周六上班是否合法，主要取决于单位的工时制度、是否与员工协商一致以及是否依法支付加班报酬。在标准工时制下，未经协商强制要求周六上班通常不合法；而在特殊工时制度下，或因生产经营需要并支付加班工资的情况下，周六上班可能是合法的。
二、一般情况（标准工时制）
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条及《国务院关于职工工作时间的规定》第三条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时（或四十小时，依据具体规定）的工时制度。
- 同时，《中华人民共和国劳动法》第三十八条规定，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
分析：
- 在标准工时制下，周一到周五为工作日，周六、周日通常是法定休息日。
- 如果机关单位未与员工协商一致，强制要求员工周六上班，则超出了正常的工作时间安排，从法律上讲是不合法的。
三、特殊情况
特殊工时制度：
- 若机关单位经劳动行政部门批准实行不定时工作制或综合计算工时工作制，则周六上班的情况可能有所不同。
- 综合计算工时工作制：在综合计算周期内，总实际工作时间不超过总法定标准工作时间的，即便周六上班也不算加班，是合法的。若超过了总法定标准工作时间，则超出部分应视为加班，单位需按规定支付加班工资。
- 不定时工作制：对于不定时工作制，不存在加班的概念，因此周六上班不构成违法。
生产经营需要：
- 若因生产经营需要等特殊情况临时安排员工周六上班，且单位与员工协商一致，并依法支付加班工资，则通常是合法的。
四、加班报酬
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
分析：
- 无论机关单位实行何种工时制度，如果要求员工周六上班且不能安排补休，那么必须依法支付员工不低于工资百分之二百的加班报酬。否则，将构成违法。
五、总结与建议
综上所述，机关单位要求周六上班是否合法需综合考虑工时制度、是否与员工协商一致以及是否支付加班报酬等因素。员工在面对此类情况时，应首先了解自己的工时制度和劳动合同中的相关条款。如果单位违反相关法律法规，员工有权向劳动行政部门投诉以维护自己的合法权益。同时，建议机关单位在安排工作时充分考虑员工的休息权益和生产效率之间的平衡，确保合规运营。