甲方与乙方合同结束后，若仍有款项未结清，首先应通过友好协商的方式解决；协商不成时，甲方或乙方可以根据合同中的约定采取法律手段追讨款项。具体分析如下：

一. 友好协商

• 在合同结束后，若双方发现仍有款项未结清，首选的方式是通过友好协商来达成一致。这可以节省时间、成本和精力，同时也有助于维护双方的商业关系。
• 例如，双方可以重新核对账目，明确未结清款项的具体金额和原因，然后协商一个双方都能接受的还款计划或解决方案。

二. 根据合同约定采取法律手段

1. 检查合同条款：首先，应仔细审查合同中的相关条款，特别是关于款项支付、违约责任和争议解决方式的条款。这些条款将为后续的法律行动提供明确的依据。
2. 发送催款通知：若协商无果，甲方或乙方可以根据合同中的约定，向未支付款项的一方发送正式的催款通知。催款通知应明确列出未结清款项的金额、支付期限和支付方式等要求。
3. 提起诉讼或仲裁：如果催款通知仍然无法促使对方支付款项，甲方或乙方可以根据合同中的争议解决条款，向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，双方将依据合同法和相关证据来维护自己的权益。
4. 申请强制执行：一旦法院或仲裁机构作出有利于甲方或乙方的裁决，但对方仍然拒绝支付款项，甲方或乙方可以向法院申请强制执行。法院将采取一系列强制措施来迫使对方履行支付义务。

三. 注意事项

• 在采取法律手段之前，务必确保自己掌握了充分的证据来支持自己的主张。这包括但不限于合同文本、交易记录、往来邮件等。
• 在诉讼或仲裁过程中，应积极配合律师或法律机构的工作，提供必要的协助和资料。

我建议，在合同结束后发现款项未结清时，双方应首先尝试通过友好协商来解决问题。如果协商无果，再根据合同中的约定采取适当的法律手段来维护自己的权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。