合作期结束项目未结款，双方应优先通过协商解决；协商不成时，可依据合同条款或法律规定通过法律途径解决。具体处理方式如下：

1. 协商解决：

   • 友好沟通：双方应首先尝试通过友好沟通解决结款问题。可以明确表达各自的立场和诉求，寻求双方都能接受的解决方案。
   • 达成协议：在协商过程中，双方可以就结款金额、支付方式、支付时间等关键条款达成新的协议，并书面记录下来，以避免后续争议。

2. 依据合同条款处理：

   • 审查合同：双方应仔细审查合作合同中关于结款、违约责任等条款的约定。
   • 履行合同义务：如果合同中有明确的结款条款，且一方未履行其义务，另一方有权依据合同要求对方履行结款义务，并可能要求支付违约金或赔偿损失。
   • 合同解除或终止后的处理：如果合同因期满或其他原因已经解除或终止，但仍有未结款项，双方应依据合同中的结算和清理条款进行处理。如果合同没有相关约定，则应依据法律规定和交易习惯来处理。

3. 法律途径解决：

   • 发送律师函：在协商无果的情况下，一方可以委托律师向对方发送律师函，明确要求对方履行结款义务，并告知其可能面临的法律后果。
   • 提起诉讼或仲裁：如果对方仍然拒绝履行结款义务，一方可以向法院提起诉讼或依据合同中的仲裁条款向仲裁机构申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，双方需要提交相关证据来证明自己的主张。
   • 执行判决或裁决：如果法院或仲裁机构作出了有利于一方的判决或裁决，但对方仍然不履行，一方可以申请法院强制执行，以维护自己的合法权益。

4. 注意事项：

   • 保留证据：在整个处理过程中，双方都应保留好与项目合作、结款相关的所有证据，如合同、发票、付款记录、沟通记录等。
   • 及时行动：一旦发现对方有拖欠结款的迹象，应及时采取行动，避免超过诉讼时效或仲裁时效，导致自己的权益无法得到保障。
   • 寻求专业帮助：如果双方在处理过程中遇到复杂的法律问题或难以解决的争议，可以寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的合法权益。