当劳动者因身体原因不能劳动时，用人单位的补偿方式需依据具体法律法规和劳动合同条款来确定。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》第四十条：
- 在特定情形下，如劳动者患病或非因工负伤，医疗期满后不能从事原工作，也不能从事用人单位另行安排的工作，用人单位可提前三十日以书面形式通知劳动者本人或额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同。
《中华人民共和国劳动法》第二十六条：
- 类似地，该法也规定了劳动者患病或非因工负伤，在医疗期满后不能胜任工作时，用人单位可以解除劳动合同，但需提前三十日以书面形式通知。
二、补偿方式
医疗期内：
- 劳动者在医疗期内，用人单位不得随意解除劳动合同。若此时解雇，构成违法解除劳动合同，劳动者有权请求公司按经济补偿标准的两倍支付赔偿金。
- 经济补偿标准通常根据劳动者在公司服务的年限来确定，每满一年支付一个月工资的标准金额。
医疗期满后：
- 若劳动者医疗期满仍不能胜任原工作或用人单位另行安排的工作，用人单位在提前三十日以书面形式通知劳动者本人或额外支付一个月工资后，可以解除劳动合同。
- 在这种情况下，用人单位需要支付经济补偿金，补偿标准与上述相同。
三、注意事项
病假证明：
- 劳动者因疾病申请病假时，必须提供由公司指定的具有合法资质的医疗机构开出的医学证明文件。
- 病假凭证应包含二级（含）以上特定医院医师对病症的专项诊断报告及相应级别的指定医院医生提供的关于病患离岗休养时间的专业性建议书。
合法程序：
- 用人单位在解除劳动合同前，必须确保遵循了所有合法的程序和规定，包括提前通知、支付经济补偿等。
特殊情况：
- 在某些特殊情况下，如劳动者患有严重疾病或遭受了非因工严重伤害，用人单位可能需要根据具体情况给予更多的关怀和支持，包括但不限于提供医疗救助、调整工作岗位等。
综上所述，当劳动者因身体原因不能劳动时，用人单位的补偿方式需严格遵守相关法律法规和劳动合同条款。在医疗期内和医疗期满后，用人单位应依据不同情况采取相应的补偿措施，并确保遵循所有合法的程序和规定。