在小区二次供水站水池盖上种菜是不合法的。以下是详细的分析：

1. 侵犯公共利益：

   • 小区二次供水站的水池是公共设施，关乎到整个小区居民的饮水安全和健康。
   • 在水池盖上种菜，可能会污染水源，影响水质，从而侵犯了小区居民的公共利益。

2. 违反物业管理规定：

   • 小区物业管理通常会有明确规定，禁止在公共设施上进行与设施功能无关的活动。
   • 在水池盖上种菜显然违反了这一规定，破坏了小区的公共秩序和环境卫生。

3. 可能构成违法行为：

   • 如果因为种菜导致水质受到污染，进而影响到居民的身体健康，那么这种行为可能构成环境违法行为，甚至可能触犯刑法中的相关规定。

4. 法律建议：

   • 如果你发现有人在小区二次供水站水池盖上种菜，建议你及时向小区物业公司反映情况。
   • 物业公司应当采取措施制止这种行为，并恢复水池的正常功能。
   • 如果物业公司未能妥善处理，你也可以向相关部门（如环保部门、卫生部门等）进行举报。

综上所述，有人在小区二次供水站水池盖上种菜是不合法的，这种行为侵犯了公共利益，违反了物业管理规定，并可能构成违法行为。如果你遇到这种情况，建议及时向相关部门反映并寻求法律帮助。