公司要求员工上交个人年度体检报告，这一行为的合法性需根据具体情况进行分析。
合法情况：
- 特定职业要求：根据《中华人民共和国劳动法》第五十四条及《中华人民共和国职业病防治法》第三十五条，对于从事有职业危害作业的劳动者，用人单位有权且应当定期进行健康检查，以确保员工的身体健康和劳动安全，预防职业病的发生。在这种情况下，公司要求员工上交体检报告是合法的。
- 公司管理需要：体检有助于公司及时了解员工的健康状况，对于保障公司的正常运转以及员工的工作安全具有重要意义。特别是在一些对体力、视力等有特定要求的岗位，公司通过体检筛选出身体条件适合的员工，是出于管理需要的合理行为，通常不违反法律规定。
- 保护公共卫生安全：在特殊行业，如食品加工、医疗服务、幼教等领域，员工的健康状况直接关系到消费者、患者、幼儿等人群的安全与健康。公司要求员工体检，是履行社会责任、维护公共卫生安全的必要举措，这种情况下要求上交体检报告也是合法的。
不合法情况：
- 强制不必要体检：如果公司要求的体检项目与员工的工作岗位和可能接触的职业危害无关，或者强制要求进行某些不必要的体检项目，这可能构成对员工权益的侵犯，此时要求上交体检报告是不合法的。
- 利用体检结果歧视：公司不得利用体检结果对员工进行歧视性对待，如拒绝录用、调整岗位或降低待遇等。如果公司以此为目的要求员工上交体检报告，则属于违法行为。
- 要求员工自费体检：根据劳动法的相关规定，体检费用通常应由用人单位承担。如果公司要求员工自费进行体检，并将体检报告作为就业或继续就业的条件，这可能构成对劳动者平等就业权利的侵犯，此时要求上交体检报告也是不合法的。
综上所述，公司要求员工上交个人年度体检报告的合法性取决于体检的目的、项目的合理性以及公司是否遵循了相关法律法规的规定。如果员工认为公司的要求不合理或存在违法行为，可以与公司协商沟通，或向相关劳动监察部门反映情况以维护自己的合法权益。