低效用地认定标准的制定主体通常是由地方政府或相关自然资源管理部门来承担的。具体到不同城市或地区，可能会有所差异。

以厦门市为例，厦门市自然资源和规划局负责制定并发布了《厦门市低效用地认定标准》。这一标准是根据自然资源部《关于开展低效用地再开发试点工作的通知》以及相关法律法规，结合厦门市实际情况制定的。它详细规定了低效用地的定义、认定标准以及认定流程等内容，旨在提高土地资源配置和管理效率，盘活利用存量土地，促进城乡高质量发展。

同样地，在三明市，低效用地认定标准也是由地方政府（如三明市自然资源局、三明市商务局、三明市工业和信息化局）联合制定并发布的。这些标准同样基于土地开发利用强度、投入产出水平等评价指标，并针对不同类型的低效用地（如未投入生产的低效用地和已投入生产的低效工业用地）制定了具体的认定标准。

综上所述，低效用地认定标准的制定主体通常是地方政府或相关自然资源管理部门，他们会根据当地实际情况和法律法规要求，制定具体的认定标准并予以公布执行。如果您需要了解特定地区的低效用地认定标准，建议咨询当地自然资源管理部门或相关政府机构。