徇私舞弊不移交刑事案件罪由检察机关来办理。具体来说：

1. 犯罪主体与性质：

   • 徇私舞弊不移交刑事案件罪的主体是特殊主体，即行政执法人员，包括行政机关工作人员以及依法律、法规授权或受委托从事行政执法工作的组织或个人，如市场监督管理、税务等部门的工作人员。
   • 此罪属于职务犯罪，是行政执法人员在履行职责过程中，因徇私舞弊而故意不移交应当追究刑事责任的案件。

2. 案件办理机关：

   • 根据我国法律体制，职务犯罪通常由检察机关负责侦查和起诉。
   • 因此，徇私舞弊不移交刑事案件罪作为职务犯罪的一种，也应由检察机关来办理。

3. 法律依据：

   • 我国刑法第四百零二条明确规定了徇私舞弊不移交刑事案件罪的构成要件和刑罚。
   • 检察机关在办理此类案件时，会依据刑法及相关司法解释，对犯罪嫌疑人的犯罪行为进行侦查、起诉，并依法追究其刑事责任。

综上所述，徇私舞弊不移交刑事案件罪由检察机关来办理，这是根据我国法律体制和该罪的性质所决定的。如果你或你身边的人遇到了相关问题，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律帮助。