关于“自有医院单位体检是否合法”的问题，这主要取决于该医院单位是否具备进行体检的法定资质，以及是否严格按照相关法律法规和规范来开展体检工作。

首先，从国家层面来看，为了规范医疗机构的体检工作，国家卫生健康委会同相关部门已经发布了《关于进一步规范医疗机构专项体检工作的通知》。该通知对加强专项体检能力建设、规范开展专项体检工作、严格落实监管责任等方面做出了具体部署。这要求有关医疗机构必须落实主体责任，配备符合要求的诊疗科目、诊疗设备和医务人员，并严格按照有关法律法规和相关委托部门规定的检查项目、有关要求以及操作规程等规范来开展体检工作。

其次，从地方层面来看，一些地方卫生健康行政部门也在积极开展健康体检机构的专项治理工作。例如，嫩江市卫生健康局就发布了关于开展健康体检与医养结合医疗机构专项治理的公告，旨在规范当前各类健康体检行为，保障人民群众身体健康和合法权益。该公告明确了治理范围、治理目标、治理重点以及时间安排等具体内容，并要求各体检机构严格落实相关法规，建立法定项目清单台账，严禁各种违法违规行为。

综上所述，自有医院单位进行体检是否合法，关键在于其是否具备相关资质、是否遵循了国家和地方的相关法律法规以及规范。如果具备资质并严格按照规定进行体检，那么就是合法的。如果不具备资质或者存在违法违规行为，那么就是不合法的。因此，在选择体检机构时，建议公众选择具备合法资质、信誉良好的医疗机构进行体检。