绩效工资发放与医院亏损确实有关系。具体来说：

1. 政策依据：

   • 根据《关于深化公立医院薪酬制度改革的指导意见》(人社部发〔2021〕52号)，“两个允许”政策明确：允许医疗卫生机构突破现行事业单位工资调控水平，允许医疗服务收入扣除成本并按规定提取各项基金后主要用于人员奖励。这意味着，绩效发放需基于“医疗服务收入扣除成本及基金后的结余”。若医院整体亏损（即无结余），理论上不符合“两个允许”的条件，不应发放绩效。

2. 实际情况分析：

   • 若医院亏损，且绩效与收入挂钩（如传统收支结余提成模式），则可能被认定为违规，面临审计和巡查风险。
   • 医院亏损可能源于政策因素（如DRG/DIP支付改革、飞检罚款、药品零加成）和内部管理问题（如规模扩张、成本失控）。若亏损是因政策调整导致，地方政府可能通过财政补贴或调整工资总额予以支持；若因管理粗放，则需通过降本增效解决。

3. 法律层面解读：

   • 从《合同法》角度来看，如果用人单位与劳动者双方并未就绩效奖金的支付条件做出特别约定，应当认为该奖金的支付与公司的盈利状况没有关联。但医院作为特殊的事业单位，其绩效发放还需遵循相关政策规定。
   • 在医院绩效支付条件（制度/方案）文件中，若未谈到亏损限制绩效的事宜，则默认按绩效方案继续发放。但实际操作中，医院仍需考虑自身的经济实力和亏损原因，合理调整绩效发放策略。

4. 建议与策略：

   • 医院应根据自身的经济实力、学科优势、人员结构等因素，选择适合的改革策略。如激进改革、渐进调整或综合策略等。
   • 加强成本核算管理，建立成本数据库，将药耗、检查、耗材等成本细化到科室、病种及每个DRG/DIP病组，为绩效发放提供准确的数据支撑。
   • 与地方卫生健康、财政部门沟通，明确绩效发放的合规边界，争取政策支持。

综上所述，绩效工资发放与医院亏损有关系，医院在亏损情况下应谨慎考虑绩效发放策略，并加强内部管理，提高经济效益，以确保绩效发放的合规性和可持续性。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的咨询，请直接向我提问。