员工不填利益冲突申报，如果违反了公司合法制定的相关规章制度，那么可能构成违反公司纪律。具体来说：

首先，公司为了防止利益冲突，有权制定相关的规章制度，如《商业行为准则》等，明确要求员工在存在潜在利益冲突的情况下，需事先向公司提供书面情况说明并获得公司管理层批准。这是公司内部正常的管理行为，并不违反相关法律法规的规定。

其次，如果员工未按照公司规章制度的要求进行利益冲突申报，且该行为确实导致了公司利益的减损或存在减损的可能，那么公司有权依据规章制度的约定，对员工进行相应的纪律处分，甚至解除劳动合同。

例如，在某案例中，陈某作为销售经理，未向公司报备其与供应商法定代表人之间的婚姻关系，这一行为被法院认定为违反了公司的《商业行为准则》，公司因此解除与陈某的劳动合同，得到了法院的支持。

因此，员工应当严格遵守公司的规章制度，如实进行利益冲突申报。如果确实存在利益冲突的情况，应当及时向公司报备，以避免可能的法律风险和纪律处分。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。