单位犯罪案件相关人员退缴的违法所得是可以被没收的。以下是对这一结论的详细解释：

法律解释

根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，单位犯罪所产生的违法所得，理应予以追缴或者责令退还。这是因为违法所得乃是因实施违法行为而获取的不当利益，单位犯罪亦涵盖了违法行为的实施以及利益的攫取。对于这部分不当利益，法律明确规定应当予以没收，以维护社会公众的根本利益。

处理流程

1. 调查与核实：在单位犯罪案件中，相关部门会首先对违法所得进行深入细致地调查与核实，确保能够识别并确认违法所得的全面性与准确性。
2. 追缴或责令退还：一旦违法所得得以清晰界定，即依照法规规定采用相应手段进行追缴或责令退还。这些补充措施可能包括查封、扣押、冻结、拍卖、变卖违法所得等，以保证违法所得能够得到妥善处置。
3. 上缴国库：没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。

举例说明

假设某公司因实施欺诈行为被认定为单位犯罪，该公司通过欺诈手段获得的违法所得将被依法追缴或责令退还。如果该公司相关人员主动退缴违法所得，那么这部分退缴的财物同样会被没收，并最终上缴国库。

总结

综上所述，单位犯罪案件相关人员退缴的违法所得是可以被没收的。这是法律对单位犯罪行为的惩戒措施之一，旨在维护社会公平正义和公众利益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。