关于您提出的“由分包方为总包提供材料发票的合同是否有效”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，在对外发生经营业务收取款项时，收款方有义务向付款方开具发票。在建筑工程等分包活动中，分包方作为提供材料或服务的收款方，依法应当向总包方开具合法有效的发票。

二、合同约定

通常情况下，分包合同中会明确约定分包方有向总包方提供发票的义务。这一约定不仅是双方经济往来的基本规范，也是保障双方合法权益的重要条款。合同中会详细规定发票的类型（如增值税专用发票或普通发票）、开具发票的时间节点以及发票的具体要求等，以确保项目财务流程的顺畅和合规。

三、实际操作流程

在实际操作中，分包方在开具发票前需要准备好相关的工程合同、分包价款等资料作为开票依据。发票的开具应严格按照规定的时限、顺序、栏目进行，并确保纸质发票加盖发票专用章，以保证发票的合法性和有效性。总包方在收到发票后，应进行核对和确认，确保发票内容与合同约定相符，并妥善保管以备后续财务核算和税务处理。

四、财务核算与税务处理

对于总包方而言，取得分包方开具的发票是进行成本核算和税务处理的重要依据。只有取得合法有效的发票，总包方才能在财务上进行合理的成本列支，并准确核算项目的成本和利润。同时，合法有效的发票也是企业进行税前扣除的必要凭证，总包方可以按规定扣除分包款后的余额为营业额进行计税。

五、合同有效性分析

基于以上分析，我们可以得出结论：由分包方为总包提供材料发票的合同是有效的。这一约定符合法律法规的要求，也是双方经济往来的基本规范。只要合同内容合法、双方意思表示真实，并且符合相关法律法规的规定，那么该合同就是有效的。

综上所述，由分包方为总包提供材料发票的合同是有效的，并且这一约定对于确保双方财务清晰、税务合规以及维护双方合法权益具有重要意义。