保险代理人扣考勤是否合法，这个问题需要从多个维度进行考量。

首先，我们要明确保险代理人与保险公司之间的法律关系。如果双方建立的是劳动关系，那么根据《劳动合同法》，保险公司可以依法制定规章制度，对劳动者进行管理，包括考勤制度。在这种情况下，如果考勤制度已经过民主程序制定，且已向劳动者公示，明确规定了考勤要求及扣款标准，同时该标准合理且不违反法律强制性规定，那么考勤扣款通常是合法的。

然而，如果保险代理人与保险公司之间是代理关系，而非劳动关系，那么双方的权利义务主要由代理合同约定。在这种情况下，考勤扣款是否合法就需要看合同中是否有明确约定。如果合同中明确约定了考勤相关要求及扣款情形，且代理人签字认可，那么按约定进行考勤扣款就具有一定合法性。但如果合同约定显失公平，或违反法律法规强制性规定，那么代理人可以通过法律途径维护自身权益。

此外，无论双方是劳动关系还是代理关系，保险公司的考勤制度都需要符合相关法律法规的规定。例如，考勤制度不能过于苛刻、不合理，不能损害员工的合法权益，扣减工资后员工的实际所得不能低于当地最低工资标准等。如果保险公司的考勤制度存在这些问题，那么考勤扣款就可能不合法。

当保险代理人认为考勤扣款不合法时，可以先与保险公司协商解决。如果协商不成，可以收集相关证据，通过向保险监管部门投诉、申请仲裁或提起诉讼等方式来维护自身合法权益。

综上所述，保险代理人扣考勤是否合法，需要根据双方的法律关系、相关制度或合同约定以及法律法规的规定来综合判断。