对于企业员工提交两次假条的情况，应首先核实假条的真实性与有效性，并依据公司规章制度及劳动合同法的相关规定进行处理。

一. 核实假条真实性与有效性

1. 审查假条内容：检查两次提交的假条是否内容一致，包括请假时间、请假原因、医生签名及医院盖章等。
2. 与医院核实：如有必要，可联系医院相关部门核实假条的真实性，确保员工提供的假条非伪造。

二. 依据公司规章制度处理

1. 查看公司规定：参考公司关于请假的具体规章制度，看是否有关于重复提交假条的处理条款。
2. 按规处理：若公司规定中有明确处理方式，如警告、扣除相应工资或福利等，则按规执行。

三. 依据劳动合同法处理

1. 考虑员工权益：在处理时，需确保不违反《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，保障员工的基本权益。
2. 避免违法处理：例如，不得因员工提交两次假条而单方面解除劳动合同，除非符合劳动合同法规定的解除条件。

四. 沟通与教育

1. 与员工沟通：了解员工重复提交假条的具体原因，是误操作还是其他原因，并进行沟通解决。
2. 加强教育：提醒员工按照公司规定正确提交假条，避免类似情况再次发生。

我建议，在处理员工提交两次假条的情况时，应综合考虑公司规章制度、劳动合同法及员工实际情况，确保处理既合法又合理。同时，加强与员工的沟通，确保双方权益得到保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。