若公司提交虚假材料的行为被发现时已超过二年，处理方式需根据具体情形及法律规定来判定，核心结论如下：

1. 行政处罚层面：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。”
   • 若公司提交虚假材料的行为不属于涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的情形，且自行为发生之日起超过二年未被发现，则行政机关原则上不再给予行政处罚。但需注意，若该行为在二年内已被发现，只是尚未作出行政处罚决定，则不受此二年期限限制。
   • 若属于涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的情形，且自行为发生之日起未超过五年，则行政机关仍可给予行政处罚。

2. 民事责任层面：

   • 提交虚假材料可能构成对他人合法权益的侵害，如欺诈、虚假陈述等，受害人有权要求公司承担民事责任，包括赔偿损失、恢复原状等。
   • 民事责任的追究不受二年或五年期限的限制，但受诉讼时效的约束。根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。”因此，受害人需在知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起三年内提起诉讼。

3. 刑事责任层面：

   • 若公司提交虚假材料的行为构成犯罪，如伪造、变造国家机关公文、证件、印章罪等，则不受二年或五年期限的限制，司法机关可依法追究其刑事责任。
   • 刑事责任的追究需依据《中华人民共和国刑法》的相关规定，由司法机关依法进行侦查、起诉和审判。

行动建议：

• 若您发现公司存在提交虚假材料的行为，且该行为可能涉及行政处罚、民事责任或刑事责任，建议及时收集相关证据，并向有关部门或司法机关举报。
• 若您是受害者，且希望追究公司的民事责任，需注意诉讼时效的限制，及时提起诉讼以维护自身合法权益。

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