针对您提出的问题，即个人老板没有被认定为实际施工人但垫付了材料款，项目部应如何解决，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，尽管个人老板没有被认定为实际施工人，但他垫付材料款的事实是客观存在的。这涉及到的是债权债务关系，即个人老板与项目部之间因垫付材料款而产生的债权。
确认债权债务关系：
- 个人老板应首先与项目部进行协商，明确垫付材料款的具体金额、时间以及相关的证明材料，如购货合同、付款凭证等。
- 项目部应对这些材料进行审核，确认债权债务关系的真实性。
协商解决：
- 在确认债权债务关系后，双方应本着公平、合理的原则进行协商，探讨如何妥善解决这一问题。
- 项目部可以考虑根据个人老板的实际情况，制定分期还款计划或采取其他形式的补偿措施。
法律途径：
- 如果协商无果，个人老板可以依法向法院提起诉讼，要求项目部承担垫付材料款的还款责任。
- 在诉讼过程中，个人老板需要提供充分的证据证明自己的主张，包括垫付材料款的事实、金额以及项目部对此的认可或默认等。
其他建议：
- 为了避免类似情况的再次发生，建议个人老板在与项目部合作时，明确双方的权利义务关系，签订正式的书面合同。
- 同时，个人老板也应保留好相关的证据材料，以便在发生纠纷时能够有力地维护自己的合法权益。
综上所述，尽管个人老板没有被认定为实际施工人，但他垫付材料款的事实是客观存在的。项目部应本着公平、合理的原则，与个人老板进行协商，妥善解决这一问题。如果协商无果，个人老板可以依法向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。